Можно ли выводить только часть свободных средств?

Да, можно. Вы можете выводить со счета любую часть свободных средств. В случае продажи акций деньги также будут доступны для частичного изъятия после завершения расчетов по сделке в режиме T+2 (на третий рабочий день после совершения сделки).